多尔衮既死，阿济格谋逆又被抓了现行，再加上济尔哈朗这个大清唯一叔王的支持，顺治于八年顺利亲政。
亲政后，顺治即按“釜底抽薪”之计施策，即便犯有谋逆大罪的阿济格父子，顺治也通过议政王大臣会议议罪，将其幽禁，其子劳亲被革去王爵，降为贝子。
事实完全如顺治所料，朝政稳定后不久，济尔哈朗偕巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪联合上奏，追论多尔衮的罪状，削去了其爵位。
其政敌辨明了风向，纷纷出来翻案，揭发多尔衮和阿济格的大逆之罪，两白旗大臣在早已反正的苏克萨哈等撺掇下，也纷纷倒戈。
顺治借势议了阿济格的罪，再恢复两黄旗贵族的地位，提升两红旗的满达海、瓦克达、杰书、罗可铎等人，又兴罗什等五人狱，然后正式宣布多尔衮的十四条罪状，追夺一切封典，毁墓掘尸。
所有的这一切显得合情合理，又顺利成章，不过，顺治并没有就此止步，接连又处罚了刚林、巴哈纳、冷僧机、谭泰、拜尹图等，让多尔衮多年培植的势力顷刻瓦解。
阿济格却不仅没有一丝收敛，反而益加狂暴无礼，在监房内私藏大刀，暗掘地道，声称要放火烧毁监房。顺治借诸王“其悖乱已极，留之恐贻后患，当即处死”之奏，令其自尽，除宗籍，其子劳亲一同被赐死。
但是，多尔衮为清王朝所立下的不世之功也绝不是政治对手们的几条欲加之罪所能掩盖的，顺治十二年（1655年）正月，吏科副理事官彭长庚、一等子许尔安分别上疏，称颂多尔衮的功勋，被济尔哈朗骂了个狗血喷头，流放宁古塔充军。
至此，再无人敢提及，直到一百年后，乾隆四十三年（1778年），乾隆帝正式为多尔衮翻案，下令为他修复坟茔，复其封号，“追谥曰忠，补入玉牒”， 清一代对多尔衮的评价才总算有了定论。
这是后话，且不细说，单说郑成功，收编了鲁王的队伍后，所部先后获得了磁灶战役、钱山战役和小盈岭战役的胜利，克复平和、漳浦、诏安、南靖等地，又有定西侯张名振等人来投，声势愈壮。
郑成功大喜，率部向清军发起了猛攻，曾一度击溃清浙江福建总督陈锦，致使陈锦手下杀了陈锦来降，也曾采取张名振的建议，跟浙东的张煌言合师，趁清军防守空虚之机，试图攻取南京。
却不料，攻取南京之战，跟其所有的进攻一样，亦是先胜后败，所部元气大伤。
虽屡败屡战，郑成功初衷不改，意图跟声势渐盛的李定国等联络，却又因距离太远，极为不便，无奈之下，不得不听从何斌“收复由荷兰殖民主义者侵占的台湾岛，以解决大军的后勤给养”的建议。
公元1661年（清顺治十八年，永历十五年），郑成功率部打败荷兰殖民主义者，收复沦陷了三十几年的台湾。
不久，顺治帝崩，皇三子康熙帝继位，当权者鳌拜纳郑氏降将黄梧的“平贼五策”，严密封锁沿海，断绝郑成功的经贸财源，同时斩杀了其父郑芝龙，开挖了郑氏祖坟，移驻投诚官兵，分垦荒地。
噩耗接连传来，在台将士又因水土不服人心惶惶，其子郑经又在澎湖与乳母私通，郑成功内外交逼，于1662年（清康熙元年，永历十六年）五月初八急病而亡，死前大喊“我无面目见先帝于地下”，抓破脸面而死，年仅39岁。
郑成功死后，郑经于金门发动军事政变，自称延平王（郡王爵位本非世袭），随后打败了控制台湾的郑成功之弟郑世袭，在台即位，依陈永华之议，移植明朝中央官制，仍奉已死的永历帝为正朔。
1680年（康熙十九年），郑经及陈永华先后死去，权臣冯锡范拥郑经幼子郑克塽继位，后施琅率清军攻克澎湖，郑克塽乃于1683年（康熙二十二年）降清，结束了郑氏在台湾23年的统治。
1684年（康熙二十三年）4月，台湾正式纳入大清帝国版图，隶属福建省，设台湾府，辖台湾县、凤山县与诸罗县。
平定沙定洲后不久，定北王艾能奇在征讨东川的战斗中，中毒箭牺牲，孙可望收编了其所部，势力却仍不足于跟李定国、刘文秀的联军抗衡，只得暂时隐忍不发，跟李定国、刘文秀保持着一团和气。
跟永历朝廷的谈判，却因为孙可望的漫天要价而迟迟没有结果。李定国知道原因，但为了大军的团结，不得不闷在心里。
其时，李定国等已经过了充分的准备，出兵攻湖南，先取沅州（今湖南黔阳）、靖州（今湖南邵阳），继攻广西桂林，大败清军，逼得清军主帅、定南王孔有德自杀。
紧接着，李定国又于衡阳设伏，阵斩了清援军主帅、亲王尼堪，让之所率的十万大军全军覆没。
贵州、川南也相继被大西军所平定，大西军再次建立起以云贵为中心的新基地。
永历朝廷的处境却如江河日下，瞿式耜被杀后，永历帝逃到梧州又逃到南宁，南宁再陷落，逃到濑湍，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名安龙府，答应每年向永历帝送钱送粮，以供皇室开销 ，永历帝则允许孙可望今后的大小战事，可以先斩后奏。
孙可望奉迎永历帝，当然不是要找一个人回来管着自己，他的目的很快就被永历帝识破了，暗中派出使者向李定国求救。
因为孙可望斩杀跟自己盟誓力保永历帝的黄文选，李定国对孙可望已甚为愤怒，接到永历帝的诏命，哪敢怠慢，在孙可望部下白文选的帮助下，秘密接永历帝进入云南。
孙可望大怒，设计要除掉李定国，被李定国识破，自知不敌李定国，降清。因为其降清，云贵一带的部署暴露无遗，大西军接连遭受惨败。
李定国虽曾试图跟郑成功所部联络，东西对进，但因为郑成功所部联络不便而耽误了时日，终未能挽回颓势。
永历朝廷不得不重新考虑退路，讲官刘范主张“入巴蜀，依靠夔东十三家，经营陕洛地区。”；李定国主张“撤入湖南地区，如果获胜六诏可以攻下，如果不胜可以进入越南，召集东南亚诸国反清义士，航海到厦门和郑成功汇合，共同进行抗清。”；勋臣沐天波、权臣马吉翔则主张“退守滇西，一旦事急则逃入缅甸。”
各方争执不下，待到清军大兵压境，永历帝匆忙选择了后者。
公元1661年（永历十五年，顺治十八年），清军吴三桂部十万大军进入缅甸，逼缅王交出永历帝。次年，于昆明将永历帝缢杀，南明至此灭亡。
李定国闻讯，悲愤成疾，于公元1662年六月在勐腊（在澜沧江以西）病逝，时年42岁。
李定国死后，部下有数千人依其遗言不降，聚于阿瓦河东百里，称为“桂家”。勐腊各族人民亦奉李定国为神，过晋王墓均膜拜，并于后山复建“汉王庙”，每年春节进行隆重祭祀。